Ölkədə elm və təhsilin inteqrasiyasını təmin etmək məqsədilə AMEA-nın tarixində ilk dəfə olaraq olaraq 2015-ci ildə AMEA-da ali təhsilin magistratura pilləsi təşkil edilmişdir. Azərbaycan Respublikasının Tələbə Qəbulu üzrə Dövlət Komissiyasının 8/Q saylı 7 sentyabr 2015-ci il tarixli əmri ilə 2015/2016- cı tədris ili üçün AMEA-nın magistraturasına 9 ixtisas üzrə 19 nəfər qəbul edilmişdir. Qəbulun uğurla keçdiyini və gənclərin elmə marağının böyük olduğunu nəzərə alaraq AMEA-nın magistraturasına qəbul planı artırılmış və Dövlət İmtahan Mərkəzinin 7/Q saylı 31 avqust 2016-cı il tarixli əmri ilə 2016/2017-ci tədris ili üçün  AMEA nın magistraturasına 19 ixtisas üzrə 56 nəfər qəbul edilmişdir.

 AMEA-nın Prezidentinin  480 saylı 10 sentyabr 2015-ci il Sərəncamına əsasən,   AMEA-nın magistratura pilləsinə qəbul olmuş bütün magistrantlara ingilis dili, psixologiya, pedaqogika, fəlsəfənin əsasları kimi ümumi fənlər üzrə dərslərin tədris olunması və imtahanların təşkili AMEA İnformasiya Texnologiyaları İnstitutuna həvalə edilmişdir. 

• Bu sərəncama əsasən 15 sentyabr 2015-ci ildən etibarən AMEA-nın magistratura pilləsinin ümumi və seçmə fənlər üzrə nəzəri və praktiki dərslərin tədrisi institutun Tədris-İnnovasiya Mərkəzində həyata keçirilir;
• “Elm haqqında” və “Təhsil haqqında” Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin və Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin magistratura təhsili ilə bağlı qəbul etdiyi normativ-hüquqi sənədlərə uyğun olaraq tədris  proqramı əsasında aparılır;
• İmtahanlar elektron test üsulu ilə həyata keçirilir;
• İmtahanların nəticələri haqqında məlumatlar hesabat şəklində AMEA Rəyasət Heyəti aparatının  Elm və Təhsil İdarəsinin Magistratura şöbəsinə təqdim edilir.